PRESICE - геномно тестване на женски животни /част II/

GenomicMAP (G-MAP)

 

G-MAP℠ определя най-добрия вариант за ИО на крава или юница, базиран на геномни РТА (GPTA), отколкото вариант, базиран на фенотипни резултати, продуктивност или прогнозиращ информация като родителско средно или генеалогични индекси.

G-MAP е достъпна за всички производители на млечни продукти, които имат геномни резултати от тестове върху техните женски. G-MAP може да осигури препоръки за ИО за произволен брой геномно тествани животни. G-MAP препоръки за ИО са включени в доклада за MAP™, заедно с не-геномно тествани заплодени животни чрез традиционната MAP програма на CRI. От доклада, заплодените животни чрез G-MAP са означени с "G" или думата "Genomic" в близост до тяхната идентификация.

За да се осеменяват геномно тествани животни, производителят е длъжен да предостави GPTAs на животните на CRI представител, за да бъде включен в G-MAP осеменителния план.

Пример на резултати от G-КАРТА:

 

Този доклад съдържа както геномно тествани, така и нетествани животни. № 4355 е геномно тествано, както и № 4359. Тези GPTA бяха използвани, за да се осеменят с правилните бикове.

Следващият пример е стадо с всички геномно тествани животни. С използване на геномна РТА се генерират данните за ИО.

 

G-MAP има същата леснота и характеристики като MAP. Производителите имат гъвкавост, за да избират своите възможности за ИО – като LNM$, herdlife, общ бал или grazier. Инбридингът и леталните рецисиви също са контролирани. С използването на G-MAP производителите все пак могат да възприемат различни развъдни стратегии, както те намерят за необходимо да управляват своята работа.

Препоръките за ИО се въвеждат лесно в софтуера за управление на фермата и производителите могат да разделят животните си в различни групи според конкретни стратегии за разплод и съответно да осеменяват всяка група с различни бикове.

 

 

Как да вземем проба?

 

Карта за космена проба

CRI ще изпрати такива карти на дистрибуторите.

Пробите трябва да бъдат правени една по една от едно лице. Между отделните животни се уверете, че инструментите за вземане (ръцете или инструмента за отскубване) са чисти и свободни от ДНК, на което и да е друго животно.

  • Издърпайте 60-80 косъма с корена, не забравяйте – луковицата трябва да е видима и прикрепена;

  • Махнете пластмасовото покритие от вътрешността на картата;

  • Вкарайте края на фоликула (луковицата) на косъма;

  • Запечатайте с пластмасово капаче и отрежете излишния косъм;

  • Сложете етикет на всяка карта с идент. / рег. № на животното и го запишете в ”Геномния файл за подаване” (Genomic Submission File) (колоната е озаглавена ID);

  • Поставете картата в малка найлонова торбичка и я запечатайте.

Уред за тъканни проби (TissueSampleUnit)

Ако се интересувате от уреда, свържете се с представителя на CRI.

  • Взема се парче тъкан от ухо на животното;

  • Запишете идент./рег. № на животното в ”Геномния файл за подаване” (Genomic Submission File);

 

 

 

 

Необходими данни за обработка на пробата

 

Необходимите данни ще се записват в електронния ”Геномен файл за подаване” (Genomic Submission File). ”Геномния файл за подаване” (Genomic Submission File) може да намерите на разположение в Екстернет.

Формат 1 данни за генотипа (GenotypeData)

Тези данни се изискват, за да се подаде пробата в лабораторията.

Забележка: Всяко животно с геномна проба за групата трябва да фигурира във файла и само животно в групата може да фигурира във файла.

Пол, Порода, Страна, Идент. № (официален уникален № за страната), Име, Код за многократност на отелванията, Рег. № за породата на бащата за страната, Рег. № за породата на майката за страната (моля, ако има информация за майката, напишете я), Ид. № на пробата

 

Вътрешна обработка на данни

CRI има нужда от тези данни, за да обработи пробите и да върне данните на правилния дистрибутор и собственик.

Дистрибутор Име

Собственик име, адрес, електронна поща, ако има

Тест чип на геномния тип (Genomic Type Test Chip)

Тип на изискваната геномна оценка искания:

Официален геномна оценка на развъдната стойност (O)

Вътрешна геномна стойност (I)

Произход само (P)

Проба Тип:

Косми (H)

Тъкан (Т)

 

 

Изпращане на пробите по пощата

 

Опаковайте пробите в аероплик или добре запечатана кутия

Използвайте експресна услуга за изпращане на пробите: За улеснение на дистрибуторите/собствениците може да се напише номер за проследяване върху плика или кутията за сигурност на доставката.

Виж Приложение II за срокове за получаване на геномна стойност.

 

 

 

Приблизително време за оборот на средствата

 

Когато всички изисквани данни са доставени и животното получи практически приложим генотип, се изработва геномна стойност в рамите на 6 – 10 седмици, в зависимост от датата на получаване на пробата.

Възможни забавяния при получаване на геномната стойност

 

Преди постъпване в лабораторията:

Липса на Формат 1 за генотипни данни;

Липса на вътрешни обработващи данни на CRI;

Липса на идент. № на данните или пробата.

След постъпване в лабораторията:

Качество на пробата: недостатъчна ДНК в пробата; замърсена проба.

Повторения: пробата трябва да се повтори от първоначалната проба в лабораторията за срока за генотипиране през следващия месец.

Повтаряне на вземането на проба: трябва да бъде взета нова проба и доставена в лабораторията.

След като е определен генотипа:

Несъответствие с педигрето: Бащата или майката по педигре не са същите, както по генотип, което изисква корекции в педигрето.

Несъответствие с пола: Подаденият пол не е същият като този по генотип, което изисква корекции в педигрето.

Дублиране на генотип: Подадената проба е с генотип, напълно съответстващ на друго животно с различен идент.№. При това е необходимо да се определи дали животните са идентични близнаци или клонинги при ембриотрансфер и да се коригира в Кода за многократност на отелванията. Или да се определи дали двете проби са взети от едно и също животно.

Породно несъответствие: Подадената проба е с генотип, отговарящ на порода различна от подадените данни за породата и трябва да се нанесат корекции в породните идентификационни данни за животното. Не може да се каже дали животното ще получи геномни резултати.

Полова хромозома по-голяма от две хромозоми: Ако животното е триплоид, не може да получи геномна оценка.

Как се отчитат резултатите за геномната стойност:

Резултатите за геномната стойност ще бъдат пуснати по мейла от Ami Lasecki до дистрибутора, а дистрибуторът ги дава на собственика

 


 

Цени и плащане

 

Препоръчителна цена за геномен тест: $60.

Тази цена включва следните разходи за:

- Генотипиране;

- Съвети към развъдниците на млечни говеда;

- Администрация;

- Повтаряне на тестове.

Разходите по генотипиране ще се удържат от CRI сметката на дистрибутора при доставката на геномните стойности. CRI ще осигури разрешителното за внос, което трябва да придружава преноса на ДНК проби.

Дистрибуторът ще се смята за отговорен за следните разходи:

- Експедиране и опаковане;

- Всякакви изследвания, изисквани за ДНК, проби влизащи в САЩ*.

Проби от страни, засегнати от шап (виж списъка по-долу) трябва да има една от следните обработки преди вноса:

а. топлинна обработка при минимум 72 градуса по Целзий в продължение на най-малко 30 минути

ИЛИ

b. рН 5.5 или по-малко в продължение на минимум 30 минути или

c. рН 10 или по-голямо в продължение на минимум 2 часа, или

d. потапяне в минимално количество 0,4% бета propriolactone/12 часа / 4

градуса по Целзий / рН 7 ИЛИ

e. потапяне в минимално количество 0.2% глутаралдехид ИЛИ

f. потапяне в минимум 10% формалин ИЛИ

g. третиране с протеиназа К, последвано от топлинна обработка при 95 градуса

Целзий за 15 минути, последвано от RNase

Засегнати страни: Австралия, Австрия, Бахамските острови, Барбадос, Белгия, Белиз, Бермуда, Канада, Англо-нормандските острови, Чили, Коста Рика, Чехия, Дания, Доминиканската Република, Салвадор, Естония, Фиджи, Финландия, Франция, Германия, Гърция, Гренландия, Гватемала, Хаити, Хондурас, Унгария, Исландия, Ирландия, Италия, Ямайка, Латвия, Люксембург, Литва, Мексико, Намибия, Холандия, Нова Каледония, Нова Зеландия, Никарагуа, Норвегия, Панама, Папуа-Нова Гвинея, Полша, Португалия, Испания, Швеция, Швейцария, Тринидад и Тобаго, Обединеното Кралство.

*Взето от USDA-APHIS, САЩ ветеринарно разрешение за внос и превоз на контролирани материали, организми и вектори.

 

 

 

Програма за 2014 г.

 

По-долу са датите, на които ДНК пробите трябва да бъдат в офиса CRI в Shawano, Уисконсин. Ако проби не са получени до крайния срок, ще има закъснение в получаването на геномните стойности. Моля, направете справка с част II на Precise Marketing Guide, за да научите как можете да избегнете евентуални забавяния при подаване на ДНК проба.

 

Международен геномен краен срок:

”Геномния файл за подаване” (Genomic Submission File) трябва да е попълнен и изпратен по мейла, а пробите да са получени от Ейми Ласеки до:

Публикуване на геномните оценки

*Датите на оценка могат да бъдат променяни

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


 

Интерпретиране на резултатите

 

GPTA е оценка на генетичната стойност, изчислявана от (1) информацията от генотипи или прибавени генотипи от ДНК анализи на предците за функционални гени, наследявани от дадено животно; плюс (2) индивидуалната изява и (3) информацията от педигрето.

Надеждността се изразява като процент от нула до 99, като стойностите близки до 99 показват висока надеждност. Колкото по-висока е надеждността, по-малка е вероятността фенотипните характеристики на животно да се различават от геномно предвидените качества.

 

Здравни признаци

LNM$: Lifetime Net Merit $ измерва очакваната пожизнена печалба в сравнение с базовите крави за породата, родени през 2005 година.

Допълнителни подробности на разположение на https://www.cdcb.us/reference/nmcalc.htm

Признаци и теглата в LNM$ индекс:

- Продуктивност 35%

- Продуктивен живот 22%

- Соматични клетки -10%

- Степен на възпроизводство на дъщерите 11%

- Леснота на отелване 2%

- Мъртвородени 3%

- Постановка на вимето 7%

- Постановка на копита и крака 4%

- Обща постановка -6%

CM$: Cheese Merit $ е предназначена за производители, които продават мляко за пазара на сирене. Протеинът има по-голяма стойност в пазара на сирене, отколкото в стандартния компонентен начин на ценообразуване.  Млякото получава отрицателна икономическа тежест в CM $ индекса. CM $ индекса включва същите признаци като LNM $ индекса.

FM$: Fluid Merit $ комбинира същите признаци като на LNM $ с различни тегла. Този индекс е полезен за типично млечните ферми, като по-голям акцент се поставя на млеконадоя.

DPR: Daughter Pregnancy Rate дава изражение на това, колко бързо кравите се заплождат отново след отелване и се определя като процент от не-бременните крави, които се заплождат по време на всеки 21-дневен период. Всяко увеличение от 1% в PTA DPR се равнява на намаление от 4 дни в сервиз периода.

PL: Мярка за продължителност на използване, измерен в месеците, когато кравата лактира, отнесено към средното за породата.

SCS: критерий за устойчивост на мастит, като животни с ниска PTA за SCS (по-малко от 3.0) се очаква да имат по-малко мастити от животни с високо PTA за SCS (по-голяма от 3.0).

Продуктивни признаци

Мляко: Гентичната разлика в общите килограми мляко, произведено по време на 305-дневна лактация.

FAT%: Генетичната Разлика в % съдържание на млечни мазнини в млякото.

FAT #: Генетичната разлика в килограми на млечни мазнини, получени по време на 305-дневния лактация.

PRO%: Генетичната разлика в % на протеин в млякото.

PRO #: Генетичната разлика в килограми на млечни протеини, получени по време на 305-дневна лактация.

Признаци, свързани с отелването

SCE: Леснота на отелване на телета – това е генетичната способност на разплодните бичета да се раждат лесно и се изразява като % от Оценката за трудни раждания при юници (EDBH). 7% или по-малко може да намалява стреса от отелването при юници.

DCE: Леснота на отелване на дъщерите – е генетичната способност на женско теле (дъщеря) да се отели лесно и е процентно изражение на Оценката за трудни раждания при юници (EDBH). 7% или по-малко може да намалява стреса от отелването при юници.

SSB: Мъртвородени телета – генетичната тенденция телета за разплод да се раждат мъртви и изразен като % на мъртвородените, а за такива се смятат освен родените мъртви и тези които умират до 48 ч след отелване.

DSB: Мъртвородени дъщери – генетичната тенденция кравите да дават мъртвородени телета и изразен като % на мъртвородените, а за такива се смятат освен родените мъртви и тези които умират до 48 ч след отелване.

Признаци свързани със заплождането

HCR: Заплодяемост на юниците– определя се като процент на бременните юници от осеменените при всяко ИО; HCR =1 предполага, че животните са с 1% по-голяма вероятност да забременеят от тези с 0.

CCR: Заплодяемост на кравите- способността на лактиращата крава да забременее, като процент на осеменени крави, които са заплодени при всяко осеменяване. Заплодяемост на кравите за единица, предполага, че животните са 1% по-податливи да забременеят през текущата лактация, отколкото животни с коефициент 0.

Индекс на развъждане и композити

Холщайн:

eTPI: Оценка за цялостно представяне е само по TPI, неофициалнa публикация от асициацията по ХФГ

eUDC: Оценката на вимето е само за UDC, неофициалнa публикация от асициацията по ХФГ

eFLC: Оценка за Крака и копита е само за FLC, неофициалнa публикация от асициацията по ХФГ

Джърси:

eJPI: : Оценка за цялостно представяне е само по JPI, неофициалнa публикация от асоциацията по Джърси

eJUI: Оценката на вимето е само за JUI, неофициалнa публикация от асоциацията по Джърси

Швейцарско Кфяво:

ePPR: Оценка за увеличаващото се развитие е само по PPR, неофициалнa публикация от асоциацията по Швейцарско Кафяво

eBSUDC: Оценката на вимето е само по UDC, неофициалнa публикация от асоциацията по Швейцарско Кафяво.